فإن السبب الرئيسي لنقص هذا الفيتامين هو وجود مشكلة تتعلق بامتصاص الفيتامين من الأمعاء الدقيقة إلى مجرى الدم .
حتى يمتص فيتامين ب 12 يجب أولا أن يتحد مع بروتين يتم إنتاجه في بطانة المعدة ويسمى العامل الداخلي أو الجوهري، أما فيتامين ب 12 فيسمى العامل الخارجي. وبعض الناس لا ينتجون ما يكفي من العامل الداخلي، وبالتالي فلا يستطيعون امتصاص ما يكفي من فيتامين "ب12" من غذائهم، مما يترتب عليه تلك الحالة التي تسمى الأنيميا الخبيثة.