يتالف هيكل المخابرات الاسرائيلية من خمسة اقسام رئيسية و هذه الاقسام هي :
1- الموساد : و هي المنظمة الام و الرئيسية ويراسها شخص تعينه الحكومة مباشرة ويكون اتصاله بصورة خاصة مع رئيس الوزراء ويقدم تقاريره الى مجلس الوزراء مباشرة و يبقى اسم الرئيس ( رئيس الموساد ) سريا ، وهو يقوم بالتنسيق بين الاقسام والشعب المختلفة الاخرى اما بالنسبة لاعمال الموساد و مهماتهم في الوقت الحاضر فبالاضافة الى التنسيق بين الاقسام الاخرى فقد بقيت تحتفظ ببعض المهام الخاصة و خاصة " القوى الضاربة "و التي تعمل خارج اسرائيل وقد تم تشكيلها بعد عام 1972م ، و شعبة مكافحة الارهاب التي شكلت حديثا .
2- المخابرات العسكرية : و هي هيئة الاستخبارات العامة التابعة لهيئة اركان الجيش الاسرائيلي و هي تقدم تقاريرها عن طريق رئيس الاركان و وزيـر الدفاع و من مهماتها : 1- مراقبة حركة الجيوش العربية على جميع جبهات المواجهة . 2- جمع المعلومات المتعلقة بتطور القوى العسكرية العربية و الحركات الوطنية و الاسلامية . 3- تحديد انواع الاسلحة العربية و مدى تطورها و استيعاب الجيوش العربية لها و تحديد الاماكن العسكرة و الاستراتيجية و رصدها بدقة وتحليل كل هذه المعلومات بعد تصنيفها و دراستها و ربطها مع الاجواء السياسية و استنتاج التوقعات المحتملة و رسم السياسة الاسرائيلية وفقا لذلك و تنقسم المخابرات العسكرية الى :
المخابرات الجوية التابعة لسلاح الجو المخابرات التابعة لسلاح البحرية المخابرات البرية التابعة لسلاح المدفعية .
و هذه الاقسام جميعا تستخدم الاجهزة العسكرية المتطورة مثل الطائرات و محطات الرادار المتقدمة بل و حتى الاقمار الاصطناعية كما انها تتعاون مع اجهزة المخابرات الاجنبية كالمخابرات الامريكية و غيرها و يتم نقل المعلومات عن طريق الافراد المتعاملين معها او عن طريق شراء المعلومات من مصادر معينة .
3- الاستخبارات الاقتصادية و الاجتماعية : يعنى هذا القسم بالقضايا الاجتماعية و الاقتصادية و التطورات الخاصة بها في الواقع العربي ، فهو معني بالاطلاع على الخطط الاقتصادية العربية و المتغيرات الاجتماعية و البشرية في كل قطر عربي لتساعده على رسم خططه الهادفة الى التاثير في هذا التطور او على الاقل لمنعه في الاتجاه المعادي لاسرئيل كما يهتم بمدى علاقة الدول العربية اقتصاديا و اجتماعيا بعضها مع البعض الاخر و بينها و بين الدول الاجنبية و يسلك هذا القسم في سبيل تحقيق اهدافه طريقين هما : أ- تقديم المنشورات و الدراسات حول هذه الاوضاع للحكومة الاسرئيلية . ب- وضع هذه المعلومات تحت تصرف الاقسام الاخرى و الاستفادة منها في نشاطها.
4- مخابرات وزارة الخارجية : وهو قسم تابع لوزارة الخارجية الاسرائيلية و مهماته متشعبة منها : حماية البعثات الدبلوماسية و الميليشيات الاسرائيلية في الخارج . جمع المعلومات عن الاوضاع المختلفة المتعلقة بصلاحيات وزارة الخارجية. التنسيق مع المخابرات الامبريالية و العملية في الدول العربية و تبادل المعلومات و الاستنتاجات المشتركة حول تحرك رجل المنظمات في الخارج و تحرك المنظمات الاوروبية في الخارج و رصد علاقاتها مع القوى الفلسطينية و تحاول اسرائيل بكافة السبل التستر على هذا القسم بالذات لابعاد الشبهات عن ممثليها و دبلوماسييها حيث يترتب عىل اكتشافها امور سلبية تنعكس على عمل هذا الجهاز اولا و على سمعة اسرائيل و مكانتها ثانيا .
5-الشين بيت : و هذا القسم هو اكثر الاقسام نشاطا و اقواها فعالية و تاثيرا خاصة بالنسبة لنا في الارض المحتلة و قد اكتسب سمعة اعلامية و دعائية في الاونة الاخيرة و امتاز هذا القسم بعدة مميزات اهمها :
.. تنوع المهامات الملقاة على عاتقه و احتكاكه المباشر بالمنظمات و الاحزاب المختلفة و الحركات السرية العاملة داخل الكيان الصهيوني كما انه يتمير بتضخمه العددي و تضخم عدد المتعاونين معه من عملاء محليين و خارجيين مما يزيد من اعمالهم و مهماتهم . .. مراقبة المواطنين العرب في الاراضي المحتلة و مراقبة الاحزاب و التجمعات الاسرائيلية الغير شرعية .. مراقبة السفارات الاجنبية و ممثليها و مراقبة المواطنين الاجانب . .. مراقبة الموانئ و المطارات و المداخل والمخارج و مكامن التهريب و الاجرام . .. االمحافظة على الامن في المناطق المحتلة و مكافحة المنظمات العاملة و مراقبة نشاطاتها العسكرية و السياسية . .. جمع المعلومات عن المنظمات و القيام بعمليات التصفية الجسدية . .. الاشراف على المعتقلين في السجون و ضمان الاوضاع الامنية . .. مراقبة كافة النشاطات الثورية في الاراضي المحتلة . .. مكافحة التجسس العربي على اسرائيل . و يتبين من خلال هذه المزايا التي يتمتع بها جهاز الشين بيت انه يعتبر من اخطر اجهزة الاستخبارات الصهيوينة و اوسعها عملا و اكثرها شعبا و تمتاز شعب هذا الجهاز بان منها الدائم و منها المتغير حيث يتم ايجاده لمهمة خاصة و محددة تنتهي بانتهاء المهمة و ايضا منها القديم و منها الحديث و من هذه الشعب :
اولا : الفريق الضارب : و قد تاسس هذا الفريق بعد عملية ميونخ سنة 1972م و التي قتل فيها 12 رياضيا اسرائيليا في الالعاب الاولومبية و من اهداف هذا الجهاز تصفية القيادات و الكوادر الاساسية في المنظمات الفلسطينية في أي مكان يتواجدون فيه و له مجموعات متخصصة و منتقاة من اجهزة الامن الاسرائيلية و تقوم هذه المجموعات باجراء الاتصالات و التغطية و التمويه و استئجار السيارات و تنفيذ المهمات .. الخ . و قد نفذ هذا الجهاز عدة عمليات ضد رجال المنظمات في عدة بلدان اوروبية مثل : باريس و لندن و روما وغيرها وقد شاعت اسرائيل ان هذا الجهاز قد حل و لكن هذا الاعلان كان زائفا اذ انه لا يزال يعمل حتى الان و الذي تم هو اعادة بناء له بعد الضجة التي ثارت حول اعماله في اوروبا ثانيا : شعبة مكافحة الارهاب : و هي قسم تابع لرئيس الوزراء مباشرة و يراسها مستشار رئيس الوزراء لمكافحة الارهاب وقد بدأ تشكيلها كهيئة استشارية عامة لتقدم التقارير المتعلقة بالنواحي الامنية و الاوضاع الاقتصادية و السياسية ثم تحولت الى هيئة مختصة بمكافحة الاعمال المضادة لاسرائيل تعمل باشراف رئيس الوزراء شخصيا . و لاعطاء صورة اوضح عن كيفية عملا المخابرات الاسرائيلية فاننا سنوضح البنية الهيكلية لاحد الاقسام بصورة فنية :
أ- رئيس القسم : و هو المستوى الاول او ( المسئول الاول ) للقسم و هو الذي ينسق اجهزة القسم المختلفة و يوجهها و يعطيها مهماتها و يتلقى التقارير من رؤساء الفروع المختلفة في القسم و هو عضو في هيئة اركان الاستخبارات ورؤساء الاقسام الاخرى و ينافس مسئول الموساد و يقوم ايضا بعملية التنسيق و تنادل المعلومات و التقارير من الاقسام الاخرى . ب- الادارة : و هي المسئولة عن القضايا الادارية و شئون الموظفين المرتبطين براتب شهري دائم و هي التي تقوم بالتنسيق مع رئيس القسم و الاجهزة المختلة في القسم الواحد . ت- الارشيف : و هو قسم حفظ المعلومات التي تم التوصل اليها حيث تحفظ كل القضايا بملفات خاصة و توضع وفق تسلسلها الامني . ث- قسم جمع المعلومات : و هو القسم الاكثر نشاطا و يمثل الجهاز العصبي للقسم لانه المسئول عن تغذية الجهاز بالمعلومات ويتكون من : 1- لعملاء و المخبرون و الذين يتم عن طريقهم جمع قسم كبير من المعلومات بطرق سياتي ذكرها . 2- المحققون الذين يقودون عملية التحقيق مع المعتقلين . 3- الجهاز الفني و هو الجهاز المتعاون مع القسم لجمع المعلومات و في كثير من الاحيان يكون تابعا له في العمل و توكل لهذا الجهاز مهمات القضايا الفنية في التحقيق و تنفيذ المهمات العملية لزرع الاجهزة و ابطال فعالية اجهزة مضادة