الاعتقال
في يوم الأحد 7 مايو 2006، وأثناء وقفة احتجاجية سلمية من أجل استقلال القضاء المصري، اعتقل علاء مع 10 آخرين من المدونين ونشطاء الديمقراطية، مما أدى إلى اندلاع احتجاجات داخل وخارج مصر، وتأسست مدونة جديدة عنوانها "الحرية لعلاء" (بالإنجليزية: Free Alaa)، خصصت للمطالبة بإطلاق سراح علاء عبد الفتاح[3] [4].
أطلق سراح علاء يوم الثلاثاء 20 يونيو 2006، بعد أن قضى في السجن 45 يوماً، وقد صرحت زوجته منال حسن في ذلك اليوم لجريدة الإندبندنت البريطانية قائلة "لا تراجع بعد اليوم، سوف نستمر في أنشطتنا السياسية".
في 30 أكتوبر، 2011، قررت النيابة العسكرية في مدينة نصر حبس علاء على ذمة التحقيق لمدة 15 يوماً، على خلفية اتهامة بالتحريض والاشتراك فى التعدى على أفراد القوات المسلحة وإتلاف معدات تخص القوات المسلحة والتظاهر والتجمهر وتكدير الأمن والسلم العام في أحداث ماسبيرو، والتي أسرفت عن مقتل أكثر من 25 قبطي بعد الاشتباك مع قوات الجيش.[5] بعد أن رفض الاعتراف بشرعية المحاكمة العسكرية له كمدني، ورفض الإجابة على أسئلة النيابة العسكرية له.