مثل المحميات الطبيعية نسبة 9% من مساحة مصر ويبلغ عدد تلك المحميات 24 محمية وقد تم مؤخراً إعلان ثلاث محميات جديدة هي واحة سيوة بمحافظة مطروح والصحراء البيضاء بمحافظــــة الوادي الجديد ووادي الجمال بمحافظة البحر الأحمر ، حيث تمثل هذه المحميات أساس السياحة البيئة ، علاوة على المحميات الأخرى والتي تشمل نماذج فريدة لتتابع الجيولوجي المكشوف لسجل تاريخي يصل إلى نحو 600 مليون سنة ماضية .
محمية رأس محمد وجزيرتي تيران وصنافير :-
وتقع في محافظة جنوب سيناء وتشتهر بالشعاب المرجانية والأسماك الملونة والسلاحف البحرية وهى من أجمل مناطق الغطس في العالم .
محمية الزرانيق وسبخة البردويــــل :-
تقع في محافظة شمال سيناء وهى تمثل أحد المفاتيح الرئيسية لهجرة الطيور .
محمية الأحراش :-
تقع في شمال سيناء وهى على شكل شريط على ساحل البحر المتوسط وتحتوى على مساحات كثيفة من الأشجار الأكاسيا والشجيرات مما يجعلها مورداً طبيعياً للمراعى والأخشاب .
محميـة العميـد :-
تقع في محافظة مطروح على الساحل الشمالي الغربي على بعد 83 كم غرب الإسكندرية وتتميز بوجود غطاء نباتي متنوع لنباتات طبية وخشبية كما يوجد بها أنواعاً من الحيوانات والطيور والحشرات والقواقع .
محمية علبة الطبيعية :-
تقع في محافظة البحر الأحمر في الجزء الجنوبي الشرقي من الصحراء الشرقية وتشتهر بتباين الأنظمة البيئية والتنوع في النباتات والحيوانات والزواحف .
محمية سالوجا وغزال :-
تقع في محافظة أسوان في مجرى نهر النيل وتتميز بالكساء الخضري وهى مأوى لطيور مقيمة وزائرة ومهاجرة .
محمية سانت كاترين :-
تقع في محافظة جنوب سيناء وهى من أهم مناطق السياحة الدينية ، حيث يوجد بها دير سانت كاترين ومسجد داخل الدير ومقام النبي صالــح والنبي هارون و وداى الراحة وجبال موسى وبها أعلى قمة جبلية في مصر " جبل كاترين بارتفاع 2637 متر " كما يوجد بها عدد من النباتات والحيوانات والطيور .
محمية أشتوم الجميل :-
تقع في محافظة بور سعيد وتشمل تل تنيس الآثرى وتتميز بوجود نظم بيئية متنوعة وتعتبر محطة للطيور المهاجرة وبها أنواع من الأسماك .
تقع في محافظة الفيوم وهى من أقدم البحيرات الطبيعية في العالم وبها تكوينات جيولوجية هامة ونباتات متنوعة وحفريات قديمة .
محمية وادي الريان :-
تقع هذه المحمية في الجزء الجنوبي الغربي من محافظة الفيوم ويتكون وادي الريان من البحيرة العليا – البحيرة السفلى – منطقة الشلالات التي تصل بين البحيرتين ويتميز وادي الريان بيئته الصحراوية بما فيها من كثبان رملية وعيون طبيعية وحياة نباتية وحيوانات برية والطيور المهاجرة والمقيمة .
محمية وادي العلاقى :-
تقع في محافظة أسوان على بعد 180 كم جنوب شرق أسوان وتتميز هذه المحمية بإنها منطقة للبحوث العلمية ويوجد بها عدد من النباتات ومن الثدييات ، كما يوجد بها عدداً من الطيور والزواحف والفقاريات .